Mimo że był gorliwym katolikiem, przestrzegał zasad religijnej tolerancji. Głębokie przywiązanie do Kościoła katolickiego wpoiła mu już w dzieciństwie matka. Potem w młodości przebywał na dworach arcybiskupa Ostrzyhomia Pála Várdaya oraz króla Czech i Węgier Ferdynanda I Habsburga w Wiedniu. Nie był jednak nigdy fanatykiem religijnym.  Podobnie jak w Siedmiogrodzie tak i potem w Rzeczypospolitej dążył do zachowania pokoju religijnego. Już w 1576 r. zakazał oskarżania Żydów o mordy rytualne i kradzież hostii.  Trzykrotnie wydał edykty zapobiegające tumultom na tle religijnym. Jednocześnie, pragnąc przywrócić Inflant na łono katolicyzmu, ufundował tam biskupstwo wendeńskie, zatwierdzone bullą Sykstusa V. Narzucał innowiercom kalendarz gregoriański, co doprowadziło do buntu mieszczaństwa protestanckiego w Rydze. Szczególną opieką otaczał działalność jezuitów: ufundował kolegia jezuickie w Połocku, Rydze i Dorpacie. Dekretem z 1578 r. przekształcił istniejące od ośmiu lat kolegium jezuickie w Wilnie w Akademię. Wykładali tu uczeni z różnych krajów Europy. Początkowo działał tu wydział filozoficzny i teologiczny, a potem także prawny. Uczelnia długo była jedyną wyższą szkołą na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego i drugą w całej Rzeczypospolitej. W uznaniu dla jego działalności Uniwersytet w Wilnie nosił w okresie międzywojennym  jego imię,

Więcej informacji, ciekawostek i materiałów o królu Stefanie Batorym znajdziesz w jego biogramie i na dalszych stronach naszego serwisu.