Druga połowa XVI wieku, a przede wszystkim interesujący nas okres panowania ostatniego Jagiellona – Zygmunta Augusta – to okres dominacji wojsk zaciężnych, co przekładało się na konieczność zapewnienia odpowiednich środków finansowych na utrzymanie sił zbrojnych. Żaden ówczesny władca europejski nie posiadał możliwości utrzymywania przez dłuższy czas znacznej liczby wojska stałego. Król Zygmunt August borykał się z kłopotami finansowymi od początku swego panowania. W 1563 r. na egzekucyjnym sejmie piotrkowskim król zgodził się przeznaczyć ¼ ze swych dochodów z królewszczyzn na utrzymanie wojska na Rusi i Podolu. Wskazać jednak należy, że w praktyce do skarbu trafiała 1/5 dochodów z dzierżaw, a zaczęto ją wybierać dopiero od 1566 r. Przynosiła ona początkowo dochód roczny wielkości 80–100 tysięcy złotych. Reforma ta przyniosła praktyczne korzyści dopiero w 1569 r.
Stan liczebny wojska wahał się. Jazda obrony potocznej w 1552 r. osiągnęła liczebność 3000 żołnierzy w 21 chorągwiach, najwyższy stan od 10 lat na kresach południowo-wschodnich. Była to jednak liczba daleka od liczby 9000 wojska stałego w Koronie postulowanej przez hetmana wielkiego koronnego Jana Tarnowskiego. Kolejny raz jazda osiągnęła liczebność 3000 żołnierzy na Rusi i Podolu w latach 1569–1573. W odniesieniu do piechoty jej liczba zaczęła stopniowo wzrastać. W 1563 r. załoga Kamieńca Podolskiego została zwiększona do 340 żołnierzy piechoty, w 1569 r. nawet do 1400 żołnierzy. Natomiast z większą liczbą piechoty w polu po raz pierwszy mamy do czynienia w wojnie z zakonem inflanckim w 1557 r., kiedy to osiągnęła liczebność 5200 żołnierzy. Wojska doraźnie zaciągane nie przekroczyły stanu 13 000 żołnierzy. Taką liczebność osiągnęły tylko raz w tzw. pierwszej wojnie północnej, czyli wojnie z Moskwą o Inflanty w latach 1560–1570, w tym 8000 jazdy i 5000 piechoty. Zygmunt August zwiększył także liczebność wojska nadwornego, która wahała się od 2400 do 5000 żołnierzy. Pospolite ruszenie nie było zwoływane od 1537 r.
Obowiązywał dotychczasowy system dowodzenia, w którym zastępcami króla w dziedzinie naczelnego dowództwa i administracji zasobami wojennymi byli hetmani – wielki koronny i polny koronny oraz wielki litewski i polny litewski. Znaczącą rolę w tym okresie odegrał hetman wielki koronny Jan Tarnowski. W Wielkim Księstwie Litewskim buława wielka po śmierci Mikołaja Radziwiłła Rudego przeszła w ręce rodu Chodkiewiczów. Nadal funkcjonowała przy królu rada wojenna, lecz w sprawach wojny z Moskwą król kierował się opinią kanclerza Mikołaja Radziwiłła Czarnego, a także swego lennika, księcia pruskiego Albrechta.
W czasach panowania Zygmunta Augusta uległ rozbudowie zespół pomocników hetmańskich. Wśród rotmistrzów, którzy pełnili dodatkowe funkcje dowódcze, administracyjne i sądownicze, na czoło wysuwa się strażnik polny koronny, a w dziedzinie administracji pisarz polny koronny, który pełnił również funkcję nieformalnego dowódcy artylerii. W 1572 r. pojawia się funkcja „starszego kozackiego”. Usankcjonowano również istnienia funkcji poruczników, którym „poruczano” różne zadania – pojawił się wówczas m.in. sprawca hufców. W chorągwiach funkcję taktyczną pełnił żołnierz nazywany chorążym – wskazywał kierunek natarcia i miejsce chorągwi w ugrupowaniu bojowym. W okresie tym uściślono w artykułach wojskowych obowiązki i prawa towarzyszy i pocztowych w wojskach autoramentu narodowego.
Na przełomie lat pięćdziesiątych i sześćdziesiątych XVI w. następuje przezbrojenia jazdy. Miejsce kopijników w pełnych zbrojach płytowych zajmuje jazda z lżejszym uzbrojeniem ochronnych posługująca się zamiast kopii rycerskich kopiami husarskimi. Szerzej jest wykorzystywany pancerz kolczy. W 1558 r. następuje ujednolicenie uzbrojenia chorągwi husarskich. Na początek panowania Zygmunta Augusta przypada zakończenie reformy „kozackiej” będącej wynikiem dominacji wpływów wschodnich w obronie potocznej. Pojawiają się chorągwie zwane „kozackimi”, które później będą także nazywane pancernymi. W 1569 r. upowszechniają się chorągwie lekkie. W piechocie dominują żołnierze uzbrojeni w rusznice, które niestety ustępowały jakością ówczesnym arkebuzom zachodnioeuropejskim, ze względu na niższą wytrzymałość lufy. Skutkowało to koniecznością zmniejszania ładunków prochowych, co przekładało się na zasięg ognia skutecznego. Nastąpił rozwój artylerii, której zapleczem surowcowym było tzw. staropolskie zagłębie górnicze. Główne ośrodki ludwisarstwa to Kraków, Lwów, Wilno, Gdańsk, Toruń i Warszawa. Wyrazem postępu technicznego był gwałtowny wzrost liczby wytwórców uzbrojenia. Było ich 178, a zatrudniali 1100 rzemieślników.
Stan fortyfikacji w czasach panowania Zygmunta Augusta uznawany był za niedostateczny. Próba obciążenia ludności miejscowej obowiązkiem odbudowy zamków pogranicznych nie zmieniła sytuacji na lepsze. Ponadto do budowy nowoczesnych jak na ówczesne czasy fortyfikacji bastionowych niezbędni byli wykształceni inżynierowie, a tych w Rzeczypospolitej Obojga Narodów brakowało. Z tego powodu cudzoziemcy odwiedzający Polskę za główne twierdze uważali tylko Lwów, Kamieniec Podolski, Malbork oraz Gdańsk.
W czasach panowania Zygmunta Augusta stałym elementem w dziedzinie militarnej było zagrożenie południowo-wschodnich kresów ze strony Tatarów. Jednym ze sposobów przeciwdziałania temu zagrożeniu była taktyka nękania ord przednich, przybierająca charakter rabunkowych, a zarazem prewencyjnych wypraw nad Morze Czarne, aczkolwiek była to taktyka obosieczna. W latach 1551–1563 oraz 1566–1574 strona polska przeprowadziła szereg interwencji zbrojnych w Mołdawii. Ich celem było przywrócenie porządku na granicach i zapewnienie sobie przyjaznej postawy ze strony hospodarów mołdawskich.
W latach 1556–1557 toczono wojnę z zakonem inflanckim. Niestety brak jasnych planów wojennych oraz błędy w organizacji i koncentracji wojsk spowodowały, że konflikt ten nie zakończył się rozstrzygnięciem korzystnym dla strony polskiej. Wojna zakończyła się podpisaniem traktatu pokojowego, nie przyniosła oczekiwanych efektów politycznych, Inflanty nie stały się lennem króla polskiego. Jej efektem była natomiast kolejna wojna, której przedmiotem sporu były Inflanty, a przeciwnikiem państwo moskiewskie. Walki toczone w latach 1557–1561 zakończone zhołdowaniem Inflant na rzecz Zygmunta Augusta stanowiły zaledwie pierwszą fazę długotrwałego konfliktu z Moskwą, który przeszedł do historii jako tzw. pierwsza wojna północna 1560–1570. W 1561 r. rozpoczęła się wojna o Inflanty ze Szwecją i Danią, która toczyła się do 1568 r. W wyniku tych wojen doszło do odwrócenia przymierzy państw walczących o hegemonię w basenie Morza Bałtyckiego – Dania porozumiała się z Moskwą, a Rzeczypospolita zawarła sojusz ze Szwecją, natomiast obszar Inflant został podzielony na pięć części, które przypadły Rzeczypospolitej, Danii, Szwecji, Moskwie oraz królewiczowi duńskiemu Magnusowi będącemu lennikiem moskiewskim. W tej zawierusze wojennej zaledwie epizodem były działania zbrojne na Pomorzu i w Prusach, związane z próbą zamachu stanu w Królewcu.
Zygmunt August doceniał znaczenie działań wojennych na morzu, w tym kwestię łączenia działań lądowych i morskich, zwłaszcza w konfliktach o Inflanty, w których brały udział dwie potęgi morskie – Dania i Szwecja. Flota wojenna była również niezbędna do zwalczania żeglugi narewskiej, która umożliwiała przewóz do państwa moskiewskiego uzbrojenia zakupionego w Europie zachodniej. Na 1560 r. datuje się początek królewskiej floty kaperskiej, na czele której stał Gdańszczanin Mateusz Scharping. Liczyła ona 10 okrętów o pojemności 100 łaszów (200 ton) z załogą około 40 ludzi. W czasie tzw. pierwszej wojny północnej, w 1563 r. przechwyciły one 5 okrętów szwedzkich. Ponadto atakowały statki hanzeatyckie, holenderskie, angielskie i francuskie, a w wypadku stwierdzenia przemytu materiałów wojennych doprowadzały je do Gdańska. W pościgu za okrętami szwedzkimi kaprowie zapuszczali się na wody Zatoki Fińskiej, pod Rewel i Narwę, a nawet na wybrzeże szwedzkie.
W 1561 r. kasztelan gdański i starosta pucki Jan Kostka wystąpił z projektem budowy portu w Pucku, który byłby niezależną od Gdańska bazą polskiej floty wojennej. W 1567 r. królewska flota kaperska składała się z 30 okrętów. 24 marca 1568 r. Zygmunt August powołał siedmioosobową Komisję Morską, której przewodnictwo objął Jan Kostka. Komisja ta funkcjonowała w Gdańsku i spełniała rolę admiralicji, co miało wpływ na uporządkowanie królewskiej floty kaperskiej. Niestety w 1571 r. flota ta poniosła klęskę w starciu z Duńczykami, którzy w rejonie Helu zatopili 2 okręty, a pod Puckiem zdobyli aż 18 okrętów kaperskich. Flota kaperska nie mogła sprostać ówczesnym wyzwaniom wojny na morzu, dlatego pod wpływem Komisji Morskiej król podjął decyzję o utworzeniu regularnej floty wojennej. W 1570 r. w stoczni elbląskiej rozpoczęła się budowa pierwszego polskiego okrętu wojennego. Był to dwumasztowiec o ładowności 200 łaszów, który miał być uzbrojony w 30 dział. Otrzymał nazwę „Smok”. Jego budowa została zakończona w 1572 r. Wraz ze śmiercią Zygmunta Augusta w tym samym roku ustała działalność Komisji Morskiej, a program zbrojeń na morzu został zarzucony.
płk dr hab. prof. Akademii Obrony Narodowej Juliusz S. Tym