Naymanowic (Najmanowicz) Jakub (ok. 1584–1641), profesor prawa i rektor Akad. Krak., kanonik katedralny krakowski. Ur. w Krakowie, był synem zamożnego kupca Jakuba Naymana (Neymana, Neumana) i Jadwigi, 2. v. Urbanowej Lipowskiej, starszym bratem Krzysztofa (zob.). Pochodził z wywodzącej się ze Zgorzelca i osiadłej w Krakowie u schyłku XV w. rodziny mieszczańskiej, której początki łączono w późniejszej panegirycznej tradycji, dla podniesienia splendoru rodu i uczczenia zasług obydwu braci, z postacią słynnego teologa i kanonisty Mateusza z Krakowa. W półr. zim. 1596/7, idąc w ślady stryja Jana Naymana (studenta i bakałarza Akad. Krak. w l. 1567/8–1580), wpisał się do metryki uniwersyteckiej, wkrótce jednak – nie uzyskawszy nawet bakalaureatu – wyjechał na koszt swego wuja Jana Stefańskiego, kanonika sandomierskiego, na dalsze studia do Włoch, Niderlandów (?) i Francji, gdzie prawdopodobnie ok. r. 1604 promował się w Paryżu na doktora filozofii. Jak się zdaje, w czasie pobytu za granicą korzystał, wraz z bratem Krzysztofem, z opieki i pomocy woj. krakowskiego Mikołaja Zebrzydowskiego, jemu to bowiem, jako protektorowi całej rodziny, przypisał ogłoszoną w r. 1605 w Krakowie tezę nostryfikacyjną Questio de natura materiae, na podstawie której oraz odbytej w dn. 13 I 1605 dysputy został inkorporowany do Wydziału Filozoficznego. W t. r. rozpoczął w Uniwersytecie wykłady jako docent extraneus, pełniąc jednocześnie (9 XII 1605 – styczeń 1608) obowiązki seniora szkoły mariackiej. Przyjąwszy, być może już w r. 1606, święcenia kapłańskie, na wiosnę lub w jesieni 1609 wyjechał prawdopodobnie do Włoch; na przełomie r. 1609/10 przebywał w Padwie, skąd w początkach 1610 r. udał się do Rzymu, gdzie po dwóch latach studiów na Wydziale Prawa Sapienzy uzyskał 21 II 1611 tytuł doktora obojga praw. Po powrocie do kraju objął w r. 1613 za rekomendacją kapituły katedralnej stanowisko rektora (prefekta) Seminarium Zamkowego na Wawelu, które za zgodą władz akademickich zatrzymał «na jakiś czas» również po odbytej 4 IX 1614 zwyczajowej responsji pro loco na Wydziale Prawa, przedłożywszy w tym celu wydaną w t. r. u Andrzeja Piotrkowczyka Questio de rescindenda venditione.
Powołany w r. 1615 na katedrę novorum iurium, a w r. n. instytuowany przez bpa Piotra Tylickiego z prezenty Kolegium Prawniczego na probostwo w Koniuszy, szybko zwrócił na siebie uwagę talentem organizacyjnym i gruntowną znajomością prawa, które wielokrotnie wykorzystywano w Uniwersytecie, powierzając mu odpowiedzialne misje, m. in. w r. 1618 obrony przed bpem krakowskim Marcinem Szyszkowskim praw rektora do zatwierdzania testamentów zmarłych profesorów. Równocześnie niemal od samych początków kariery profesorskiej włączył się aktywnie do polemicznej batalii Akad. Krak. z jezuitami; w dobrze poinformowanych kołach zakonnych (Wielewicki), jak się zdaje nie bez słuszności, upatrywano w nim autora wydanej w początkach 1616 r., pod pseud.: X. J. z Nowego Targu, broszury Cathedra albo Kazanie na Niedzielę pierwszą po Trzech Królach, wymierzonej przeciwko uszczypliwym opiniom o Uniwersytecie, wygłaszanym przez ks. Walentego Fabrycjusza w kościele Mariackim. Wprawdzie autorstwo tego utworu – przypisywanego niekiedy również Jakubowi Janidle – mimo śledztwa zarządzonego przez bpa P. Tylickiego nie zostało wykryte, wiele jednak wskazuje, że wyszedł on spod pióra N-a, który również w swej późniejszej publicystyce antyjezuickiej chętnie posługiwał się takimi metodami literackiej mistyfikacji. Polemiczny debiut pisarski – wpisany zresztą w lutym 1617, bez wymienienia nazwiska autora, na indeks ksiąg zakazanych M. Szyszkowskiego – wprowadził N-a w główny nurt nasilającego się od r. 1616 konfliktu Akademii z zakonem, w toku którego «swoją zapobiegliwością, talentami i mocą duszy – jak podkreślał jeden z jego panegirystów – Uniwersytet z ostatniej wydźwignął toni». Związawszy się już w r. 1617 z «filadelfią» 33 akademików krakowskich, którzy postanowili nie dopuścić do unii Uniwersytetu ze szkołami jezuickimi, w l. 1617–19 wprawdzie nie występował jeszcze oficjalnie na szerszej widowni, już jednak w tym okresie współdziałał z władzami Akademii w poufnych zabiegach zmierzających m. in. do sparaliżowania projektów otwarcia przez zakon Seminarium Duchownego w Krakowie i opanowania Szkół Nowodworskich. Z początkiem 1619 r. ogłosił w drukarni Macieja Jędrzejowczyka kazanie pt. Prognostyk duchowny na kometę, któregośmy widzieli grudnia przeszłego roku 1618, aby odtąd już niemal bez reszty z determinacją, budzącą respekt nawet u jego przeciwników, poświęcić wszystkie siły obronie praw i przywilejów Akademii.
Jak nie bez racji domyślano się w sferach jezuickich, przede wszystkim tej nieprzejednanej postawie zawdzięczał N. swój pierwszy urząd rektorski w półr. letn. 1621, tzn. w okresie gwałtownego zaostrzenia konfliktu wywołanego ponawianymi od marca 1619 projektami zawarcia unii szkół jezuickich z Akademią i dojrzewającymi, na mocy uchwały rady prowincjalskiej z 18 XI 1621, planami otwarcia studium teologicznego przy kościele Św. Piotra. Usiłowania te, życzliwie popierane przez Zygmunta III (który już 3 III 1622 wydał przywilej na otwarcie szkół publicznych), przez nuncjusza Cosmę de Torresa i bpa Szyszkowskiego, spotkały się z energiczną kontrakcją N-a, który w ciągu pierwszych dwóch kadencji swego urzędowania (1621–1621/2) rozwinął energiczną działalność propagandową zarówno wśród szlachty małopolskiej zebranej na sejmikach w Proszowicach, Opatowie i sejmie warszawskim 1621 r., jak i w licznych, choć najczęściej mało skutecznych, protestach i manifestach wnoszonych przy różnych okazjach do akt grodzkich, ziemskich i konsystorskich. Jednocześnie celem ograniczenia wpływu jezuitów na młodzież akademicką wydał 8 IX 1621 ostry zakaz wpisywania się profesorów i studentów do Sodalicji Mariańskiej, ustanawiając zarazem akademickie Bractwo Różańcowe pod opieką dominikanów (od r. 1630 karmelitów). W lipcu n. r. zorganizował przy poparciu kaszt. krakowskiego Jerzego Zbaraskiego manifestacyjne uroczystości z okazji kanonizacji św. Teresy, które miały przyćmić obchodzone w tym samym czasie obchody kanonizacji Św. Ignacego Loyoli i Franciszka Ksawerego. Niepodatny na liczne oficjalne i poufne próby nacisku ze strony władz zakonnych i przychylnych jezuitom dostojników kościelnych, chociaż «siła mu obiecywano, jeśliby się tak nie opiekał Akademią», starał się zręcznie wyzyskać antyjezuickie nastroje wpływowej opozycji dworu królewskiego, części kapituły katedralnej, zakonów krakowskich (zwłaszcza dominikanów, bernardynów i karmelitów) oraz szlachty małopolskiej i plebsu miejskiego, wśród których przede wszystkim szukał sojuszników w walce z popieranym przez większość episkopatu i koła dworskie przeciwnikiem. Mimo rozmachu, jaki starał się nadać tym poczynaniom – m. in. w zabiegach o pozyskanie bawiącego w Krakowie z końcem 1621 r. królewicza Władysława – nie zdołał zapobiec otwarciu 5 XII 1621 rezydencji jezuickiej przy kościele Św. Piotra, której uroczystą inaugurację (13–17 VII 1622) zakłóciły tumulty młodzieży studenckiej, towarzyszące protestom delegatów Akademii, m. in. w memoriale doręczonym 13 VII prowincjałowi Mikołajowi Łęczyckiemu. Odrzuciwszy oskarżenie o sprowokowanie tych zajść, wysunięte 28 VII w reprotestacji prokuratora prowincji Walentego Ruszkowskiego, jeszcze w t. r. wydał potajemnie w Toruniu zjadliwą Responsio ad famosum libellum a Patribus Societatis Jesu in Academiam Cracoviensem scriptum, której nakład (ok. 500 egzemplarzy) oprawiony w Warszawie przy pomocy życzliwych Akademii dworzan królewskich Gabriela Prewancjusza Władysławskiego i Jerzego Nowodworskiego (skazanego za współudział w tym przedsięwzięciu na trzy miesiące wieży) z początkiem 1623 r. rozszedł się po całym kraju. Zarządzone w kwietniu t. r. przez nuncjusza J. B. Lancelottiego dochodzenie w sprawie ustalenia autora tej «bezbożnej, obelżywej i heretyckiej książki» – potępionej i spalonej przez kata na mocy dekretu królewskiego z 3 V 1623 – nie tylko nie przyniosło rezultatu, ale umocniło pozycję N-a w Uniwersytecie, który 23 IV 1623 powierzył mu jednomyślnie berła rektorskie.
Uzyskawszy w ten sposób aprobatę dla stanowiska, jakie zajął wraz z Janem Innocentym Petrycym i Jakubem Papenkowicem w dwóch memoriałach przedłożonych królowi na sejmie warszawskim 1623 r., w ciągu najbliższych miesięcy główny wysiłek skupił N. na mobilizacji wszystkich sił i środków w kampanii polemicznej, do której w l. 1623–5 wciągnął zarówno najwybitniejsze pióra i talenty spośród grona profesorskiego, z Błażejem Goliniuszem, Janem Przecławczykiem ze Strzyżowa, Jakubem Witeliuszem i Janem Brożkiem na czele, jak i anonimowych autorów takich publicystycznych broszur, jak „Tarcza obrony profesorów Akademii” (pióra prawdopodobnie Adama z Opatowa) czy „Obżałowanie przeciwko ojcom jezuitom”, przy opracowaniu którego, jak się zdaje, sam współdziałał. Obdarzony nadal (1623/4, 1624) władzą rektorską, N., przenosząc stopniowo ciężar sporu z terenu doraźnych, taktyczno-polemicznych rozgrywek na płaszczyznę generalnej konfrontacji z doktryną ideową i programem oświatowym zakonu, jednocześnie bacznie śledził wszelkie posunięcia władz zakonnych na terenie Krakowa i wykorzystywał każdą nadarzającą się okazję dla zamanifestowania praw i przywilejów Akademii. Tak np. w lipcu 1623 oskarżył przed oficjałem Janem Zerzyńskim o. Krzysztofa Angelusa o wygłaszanie w kościele Św. Piotra obelżywych kazań, w jesieni t. r. polecił usunąć z burs podejrzanych o sprzyjanie jezuitom scholarów i pozwał przed sąd rektorski uczniów szkół jezuickich, wniósł do bpa Szyszkowskiego ostry protest przeciwko otwarciu 11 X t. r. przy ul. Grodzkiej jezuickiego «studium domesticum», a na wiosnę 1624 nakazał umieścić w rocie przysięgi immatrykulacyjnej klauzulę, że nowo przyjęci studenci mogą słuchać tylko tych profesorów, którzy pozostają pod obediencją rektora. Wobec pojednawczych gestów oraz prób mediacji, podejmowanych m. in. przez bpa Szyszkowskiego, sufragana Tomasza Oborskiego i nuncjusza papieskiego, zachował niezmiennie bezkompromisowe stanowisko, czym zasłużył sobie na miano «najbardziej zaprzysięgłego wroga zakonu». Na wiosnę 1625, po bezowocnych próbach udokumentowania w przewlekłym procesie toczącym się w Nuncjaturze Warszawskiej (lipiec 1624 – styczeń 1625) praw Akademii do wyłączności nauczania, zdecydował się – nie bez oporu w łonie samej Akademii i ostrzeżeń życzliwych Uniwersytetowi przyjaciół – na ryzykowny krok przekazania sporu z jezuitami do Trybunału Roty Papieskiej i wniósł 11 IV 1625 formalne oskarżenie przeciwko prowincjałowi jezuitów M. Łęczyckiemu.
W kwietniu 1625 objął N. ponownie urząd rektorski niemal równocześnie z otwarciem 27 IV szkół publicznych przy kościele Św. Piotra i nasilającą się nową falą tumultów, zamieszek, wzajemnych napaści i bójek, które przy pobłażliwości obydwu stron w ciągu r. 1625 zanarchizowały życie miasta, odciągając młodzież od studiów. Ze swej strony, bagatelizując owe «concertationes pueriles» – jak stwierdzał w odpowiedzi na liczne skargi i upomnienia dworu królewskiego, biskupa i władzy starościńskiej – starał się przerzucić odpowiedzialność za wywołanie zamieszek na uczniów szkół jezuickich i prowokujące młodzież akademicką zachowanie piechoty zamkowej. Wprawdzie 16 V 1625 wydał dość przewrotnie zredagowany mandat rektorski Quandoquidem multo przeciwko «emisariuszom podżegającym młodzież akademicką do buntów», ale w grudniu – nadal jako rektor – ogłosił uroczystą deklarację potępiającą wszystkich tych, którzy słowem lub czynem popierają szkoły jezuickie, odpierając jednocześnie w licznych listach, memoriałach i manifestach zarzuty bezkarności i swawoli młodzieży akademickiej. Takie stanowisko zajął również w sprawie głośnego najścia studentów Akademii na kolegium przy kościele Św. Piotra, którego ofiarą padł bakałarz Bartłomiej Przepiórka-Ptaszyński, zabity 13 VI 1625 od kul piechoty zamkowej i kilka dni później (19 VI) pochowany w manifestacyjnym pogrzebie jako męczennik wolności i swobód akademickich. W kilka miesięcy później wziął N. w obronę i osłonił swoim autorytetem J. Brożka, oskarżonego przez starostę Gabriela Tarnowskiego o wydanie w październiku 1625 w oficynie A. Piotrkowczyka głośnego pamfletu antyjezuickiego „Gratis”, nie tylko odmawiając ukarania autora, ale wręcz solidaryzując się z zawartymi w tym utworze poglądami, których – jak stwierdzał w złożonym 29 XI oświadczeniu – zamierzają akademicy bronić, choćby im przyszło za to zapłacić głowami. W ślad za tą zapowiedzią w grudniu t. r. zainicjował nową akcję propagandową w obronie praw Akademii, m. in. na sejmiku proszowickim, wspierany przez J. Zbaraskiego. Sejmik ten, zarówno w instrukcji z 16 XII, jak i wniesionej w tym samym dniu do akt grodzkich protestacji, stanął zdecydowanie po stronie Uniwersytetu, a w memoriale wystosowanym w imieniu szlachty małopolskiej do papieża Urbana VIII przez marszałka Jana Zebrzydowskiego (9 I 1626) domagał się wręcz zamknięcia «nieużytecznego kolegium krakowskiego». Wykorzystując te przychylne nastroje w czasie styczniowych obrad sejmu warszawskiego 1626 r., N. podjął, przy poparciu grona życzliwych Akademii senatorów (Jakub Sobieski, Jan Tenczyński) oraz królewicza Władysława, nową próbę pozyskania izby poselskiej dla sprawy Uniwersytetu. Wobec niechętnej postawy kół dworskich odrzucił jednak propozycję oddania sporu pod arbitraż powołanej przez króla komisji mediacyjnej, złożonej z 4 biskupów, w nadziei na pomyślny wyrok w procesie toczącym się w Kurii Rzymskiej. Wprawdzie już pierwsza decyzja Roty z 19 VI 1626, a następnie pięć kolejnych orzeczeń i dekretów z l. 1626–30 zapowiadało niepomyślny dla Uniwersytetu obrót sprawy, ale N., nie zrażony piętrzącymi się trudnościami, z uporem bronił interesów uczelni na terenie Rzymu, udzielając drobiazgowych instrukcji i wskazówek delegatom Akademii (Jakubowi Papenkowicowi, Stanisławowi Pudłowskiemu) i adwokatom kurialnym.
W jesieni 1626, chociaż przekazał berła rektorskie Danielowi Sigoniusowi, to jednak nie wypuścił z rąk faktycznego przewodnictwa walki z jezuitami, z niepokojem śledząc wzrastające sukcesy zakonu, m. in. w czasie sejmu warszawskiego 1627 r. Wówczas też na „Obronę kolegium krakowskiego” Mateusza Bembusa wystosował ostrą replikę pt. Zniesienie obrony Collegium Societatis Jesu w Krakowie Stanom Koronnym na Sejmie Walnym Warszawskim r. 1627 zgromadzonym do przeczytania podane, którą – mimo wpisania na indeks przez synod piotrkowski i zakazu bpa Szyszkowskiego – opublikował jeszcze dwukrotnie w ciągu 1628 r. «z przydatkiem niektórych punktów do nowego Gratisa», celem rozkolportowania wśród posłów zebranych na sejmie warszawskim 1628 r. Odrzuciwszy wszelkie próby porozumienia z jezuitami, «bo zgoda z nimi jakoby ogień w zanadrzu», zarówno w Zniesieniu, jak i innych utworach (Responsio, Obżałowanie, Memoriale) zaatakował ostro metody pedagogiczne i program nauczania szkół jezuickich, domagał się oddania spraw oświatowych pod opiekę Rzpltej, jednolitości ciała nauczycielskiego i przystosowania wychowania do potrzeb i tradycji społeczeństwa, ponieważ – jak pisał – «gdzie Rzeczpospolita o uczenie młodzi nie dba, pewnie jej zginąć albo przewierzgnąć przyjdzie». Po kolejnym wyborze na urząd rektorski w półr. letn. 1628 wystąpił z nową inicjatywą obrony przywilejów Uniwersytetu na synodzie piotrkowskim (22–26 V 1628), który nakazał obydwu stronom wstrzymanie się od wszelkich polemik do czasu zakończenia procesu rzymskiego. Na wiosnę 1631 przejął N. po raz dziesiąty władzę rektorską z rąk ustępującego Adama z Opatowa, wraz z całym dziedzictwem ciążących na sprawie jezuickiej problemów, wśród których szczególnie groźny w skutkach mógłby się okazać ostateczny wyrok Roty Rzymskiej z 15 IV 1630, oddalający powództwo Akademii i przyznający zakonowi prawo utrzymania szkół publicznych w Krakowie.
Oceniwszy, że dalsze starania i zabiegi na terenie Kurii o uchylenie tej decyzji, wobec zdecydowanego poparcia dworu królewskiego, skazane są na niepowodzenie, na wiosnę 1632, niemal natychmiast po śmierci Zygmunta III, wykorzystując atmosferę niepewności okresu bezkrólewia, wznowił N. zakrojoną na szeroką skalę agitację wśród szlachty małopolskiej zebranej na sejmiku w Proszowicach (3 VI) i na okazowaniu w Krakowie (27–28 VII), w związku z czym pospiesznie przygotował publicystyczną broszurę Memoriale exorbitancyjej i processu Akademiej Krakowskiej. Po ogłoszeniu przez Kaspra Drużbickiego „Deklaracji memoriału exorbitancji” zareplikował natychmiast, wydanym jeszcze w tym samym roku, złośliwym pamfletem Examen pretensji prawnej szkół oo jezuitów w Krakowie, w którym, kwestionując same podstawy prawne szkół jezuickich, zarzucił zakonowi podstępne wyłudzenie korzystnych dla siebie dekretów Roty Rzymskiej. Z dużym prawdopodobieństwem przypisuje mu się również autorstwo dwóch innych polemicznych broszur, opublikowanych w r. 1632 pod imieniem bakałarza Sebastiana Koszutskiego: Dowód memoriału akademickiego przeciw Deklaracji zmyślonego ziemianina r. 1632 oraz Krótka informacja o swawoli studentów Akademii Krakowskiej, istotnie zbliżonych w sposobie ujęcia i stylu argumentacji do jego publicystycznej twórczości. Zapoczątkowana wydaniem Memoriału nowa ofensywa propagandowa – która zresztą znalazła natychmiastowy odzew w całej serii jezuickich pism polemicznych – miała, jak się zdaje, w założeniach N-a przygotować grunt do ostatecznej rozprawy z zakonem i urobić przychylne dla Akademii nastroje na zbliżającym się sejmie konwokacyjnym. Wprawdzie starania o pozyskanie nowego kanclerza Akademii, królewicza Jana Olbrachta, w czasie jego ingresu na biskupstwo krakowskie (3 X 1633), spotkały się z chłodnym przyjęciem, ale na sejmie konwokacyjnym udało się N-owi nakłonić zawsze przychylnego dla sprawy Uniwersytetu królewicza Władysława do powołania komisji rozjemczej, która miała rozpatrzyć pretensje obydwu stron. Odłożyła ona jednak już na pierwszej sesji 27 X ostateczne zbadanie sprawy do czasu sejmu koronacyjnego, zwołanego na 31 I 1633.
Wznowione w dn. 6–7 III 1633 w nowym składzie (5 senatorów i 7 posłów) obrady komisji na zamku krakowskim wypełniła głównie ostra polemika między rektorem Kolegium Św. Piotra Przemysławem J. Rudnickim a N-em, który, w odpowiedzi na żądanie udokumentowania praw Akademii do wyłączności nauczania, złożył przed zebranymi komisarzami pieczęć, berła i statuty jako nadane przez królów symbole władzy rektorskiej nad studentami. Scena ta obrosła w późniejszej uniwersyteckiej tradycji w legendę – uwiecznioną nawet z początkiem XIX w. pędzlem Michała Stachowicza w galerii historycznych malowideł w Collegium Maius – o rzekomej audiencji u Zygmunta III, w czasie której rozżalony na postępowanie monarchy N. miał w dramatycznym geście złożyć u stóp tronu berła i przywileje Akademii ze słowami «Accipe rex, quod non dedisti». W znacznym stopniu dzięki nieustępliwości i sile argumentacji N-a komisja królewska na swym ostatnim posiedzeniu 15 III wydała wyrok nakazujący zamknięcie szkół jezuickich w Krakowie, a oparta na tym dekrecie konstytucja sejmowa z 17 III 1633 (zredagowana przy współudziale N-a) zapewniła ochronę praw i przywilejów uczelni, ponieważ – jak zgodnie z wielokrotnie wysuwanymi postulatami Uniwersytetu stwierdzono – «ius patronatus Akademii Krakowskiej wszystkiej mere Rzeczypospolitej należy». Doprowadziwszy do pomyślnego końca toczący się niemal przez 50 lat spór o «szkoły krakowskie» na terenie kraju, przekazał N. w r. 1633 swemu bratu Krzysztofowi – wybranemu rektorem na półr. zim. 1633/4 – już tylko formalne uregulowanie sprawy w Kurii Papieskiej, która na interwencję wysłanego do Rzymu posła polskiego Jerzego Ossolińskiego w wydanym 15 I 1634 breve papieża Urbana VIII poleciła ostatecznie zamknąć kolegium przy kościele Św. Piotra. Mimo odniesionego sukcesu do sprawy jezuickiej powracał jeszcze kilkakrotnie, m. in. w czasie dwóch kolejnych kadencji na urzędzie rektorskim (1634/5–1635), kiedy to na sejmie warszawskim w dn. 17 III 1635 wyjednał uchwalenie konstytucji rozszerzającej monopol nauczania Akademii i zakazującej na przyszłość otwierania innych szkół w samym Krakowie i na jego przedmieściach. Godność rektora powierzał mu Uniwersytet jeszcze dwukrotnie: w półr. letn. 1641 i zim. 1641/2.
Pochłonięty walką z jezuitami, nie zaniedbywał N. jednak wewnętrznych spraw Akademii. Tak np. 22 IX 1628 wystąpił z projektem reformy administracji dóbr uniwersyteckich, uporządkowania rachunkowości majątkowej oraz oszczędnej gospodarki funduszami, a 19 V t. r. podjął starania o zreformowanie stosunków na Wydziale Teologicznym, w szczególności zwiększenia bardzo nielicznych na tym fakultecie promocji doktorskich. Wielokrotnie również przeciwstawiał się wszelkim próbom ograniczenia przywilejów akademickich, m. in. uprawnień rektora do cenzury książek (1621) i dysponowania majątkiem zmarłych bez testamentów profesorów (1632). Wiele uwagi poświęcił Szkołom Nowodworskim, nad którymi w l. 1624–6 sprawował nadzór jako prowizor. Mimo popularności, jaką zdobył dzięki głębokiemu przywiązaniu do Akademii, odwadze cywilnej i talentowi ciętego polemisty – o czym świadczą liczne żartobliwe «dicta» i anegdoty przechowane we wspomnieniach J. Brożka, Wojciecha Strażyca, Stanisława Temberskiego, Jana Dziedzica, Marcina Radymińskiego – nie uniknął oskarżeń o nadmierną surowość, upór i arbitralne postępowanie, co wynikało zarówno z cechującej go gwałtowności charakteru i skłonności do demagogii, jak i z potrzeby utrzymania wewnętrznej dyscypliny i zwartości korporacji akademickiej, wśród której nie brakowało elementów chwiejnych lub ukrytych zwolenników zakonu. Zaprzyjaźniony z wieloma osobistościami współczesnego życia politycznego i wysoko ceniony przez królewicza Władysława, dla którego w r. 1630 polecił sporządzić odpis „Historii” Długosza z rękopisu przechowywanego w Bibliotece Kolegium Większego, miał sporo wrogów nie tylko w kołach kościelnych (Andrzej Lipski, T. Oborski, Erazm Kretkowski), ale i w samym Uniwersytecie, gdzie niekiedy, posuwając się aż do nałożenia ekskomuniki – jak np. w r. 1621 – zwalczał próby naruszania obowiązujących statutów. Należał do nich m. in. prof. teologii Marcin Gilewski, z którym w l. 1616–41 prowadził przewlekły proces w konsystorzu krakowskim, nuncjaturze papieskiej i Kurii Rzymskiej o probostwo w Koniuszy. Jeśli wierzyć aktom procesowym, mimo niekorzystnych dla siebie dekretów rzymskich z r. 1625 i 1628, potrafił dochodzić skutecznie swoich spraw, dokonując np. w r. 1617 nawet formalnego najazdu na plebanię w Koniuszy, skąd wywiózł część inwentarza, zboże ze spichrza, bydło itp. Zarówno w kapitule krakowskiej – do której z prezenty Uniwersytetu wszedł w r. 1626 – jak i na dworze bpa Szyszkowskiego – z którym zresztą popadał w częste zatargi, głównie na tle chwiejnego i ugodowego stanowiska kanclerza Akademii w konflikcie z jezuitami – cieszył się dużym autorytetem, czego dowodem było nadanie mu kilku intratnych beneficjów kościelnych: probostwa w Mucharzu, archidiakonatu w kolegiacie pilickiej (1612) i plebanii w Kidowie (1628), co jak skrupulatnie wyliczyli jego przeciwnicy, przynosiło mu ok. 1000 złp. rocznego dochodu.
Utalentowany mówca i pisarz, chociaż ze studiów we Francji i Włoszech wyniósł nie tylko dobrą znajomość prawa, ale i literatury klasycznej, łaciny, greki i hebrajskiego, nie pozostawił – poza ogłoszonymi w l. 1605 i 1614 «kwestiami» pro loco – dorobku naukowego o trwałej wartości. Posiadał jednak duże zrozumienie dla historii i pamiątek historycznych, gromadził troskliwie materiały do dziejów sporu z jezuitami, które za pośrednictwem brata Krzysztofa i jego rodziny przeszły do rąk M. Radymińskiego; z jego również prawdopodobnie inicjatywy umieszczono w katedrze wawelskiej alegoryczne malowidło przedstawiające założenie Akademii Krakowskiej, którego trzy graficzne reprodukcje znane pod nazwą «Typus fundationis» polecił w r. 1632 przesłać królewiczowi Władysławowi.
Zrzekłszy się na rzecz brata Krzysztofa przypadającej mu po śmierci ojca części spadku, jeszcze za życia (1631, 1638) przeznaczył szereg legatów, m. in. na budowę gmachu Szkół Nowodworskich, Bursy Ubogich, w testamencie – o który Akademia prowadziła długotrwały proces z Krzysztofem – ustanowił dalsze zapisy dla Uniwersytetu. Zmarł w Krakowie 23 XI 1641, zaledwie w kilka tygodni po wyborze na szesnastą z kolei kadencję rektorską, żegnany całą serią pośmiertnych panegiryków i pochlebnych wspominków jako nieustraszony obrońca praw i przywilejów, «filar Akademii, wiecznej pamięci godzien». Pochowany został w Kaplicy Doktorów (Szafrańców) w katedrze na Wawelu, gdzie uczczono jego pamięć nagrobkowym epitafium z czarnego marmuru.
Portret (olej. na blasze) na nagrobku w kaplicy Szafrańców na Wawelu (reprod.: Katalog zabytków sztuki w Pol., IV cz. 1); Portret (olej. z poł. XVII w.) z kościoła Karmelitów w Kr. w zbiorach Muz. UJ; – Estreicher; Enc. Org.; Łętowski, Katalog bpów krak., III; Siarczyński, Obraz wieku panowania Zygmunta III, II; Uruski; – Barycz H., Alma Mater Jagellonica, Kr. 1958; tenże, Historia Szkół Nowodworskich, Kr. 1939–47 s. 85–98; tenże, Historia UJ; Dzieje UJ, I; Leniek, Książka pamiątkowa Gimn. św. Anny, s. LXXXVII; Łukaszewicz J., Historia szkół w Koronie i w Wielkim Księstwie Litewskim, P. 1849 I 130 i n.; [Muczkowski J.], Bractwa jezuickie i akademickie w Krakowie, Kr. 1845 s. 10–17; tenże, J. Naymanowic, „Przyjaciel Ludu” R. 7: 1840/1 s. 129–30, 142; tenże, Rękopisma Marcina Radymińskiego, Kr. 1840 s. 104–13 i passim; tenże, Wiadomość o rękopisach Długosza, Kr. 1851 s. 19, 46, 70; Wysocki S., Seminarium Zamkowe w Krakowie, jego dzieje i ustrój, Lw. 1910 s. 75–6, 320; Załęski, Jezuici, II; – Album stud. Uniw. Crac., III 201; Arch. nacji pol. w uniw. padewskim, I; Brożek J., Wybór pism, Oprac. H. Barycz, W. 1956 I; Piotrowicki J., Korona Akademiej Krakowskiej albo kazanie na pogrzebie J. Naymanowica, Kr. 1641; Starowolski Sz., Laudatio Academiae Cracoviensis, Kr. 1639; tenże, Monumenta Sarmatarum; Statuta nec non liber promotionum; Wielewicki, Dziennik, III; – Arch. Państw. w Kr.: Arch. m. Kr. rkp. 1213 s. 219–20; Arch. UJ: rkp. nr 15 s. 30, 36, nr 19 passim, nr 34 s. 162, nr 35 s. 105–7, 143–5, Dyplomy pergaminowe 613, 623, 624, Akta pap. fasc. 440, nr 16856; B. Czart.: rkp. nr 117 s. 827–8 i passim, nr 119 s. 131–4; B. Jag.: rkp. nr 5, nr 197 s. 232, 419, 220, nr 26 IV, nr 227, nr 1170 k. 84, nr 1896, 2051, 2506, 5789; B. PAN w Kr.: rkp. 8893.
Leszek Hajdukiewicz