Od czasu Sejmu Czteroletniego jego poglądy społeczne i polityczne zradykalizowały się. Należał do lewego skrzydła obozu powstania. Przedłożył Radzie Najwyższej Narodowej memoriał o konieczności stanowczych działań, m. in.  wyciągania konsekwencji z hasła „kto nie jest z nami, jest przeciw nam”, a także przydzielenia „deputowanych do każdej armii, którzy by pilną baczność mieli na postępki komenderujących”. Tadeusz Kościuszko powołał go w skład Sądu Kryminalnego Wojskowego. Jeśli był obecny, zastępował prezesa tego jakobińskiego sądu. Był m.in. podczas przesłuchania biskupa Wojciecha Skarszewskiego i głosował za skazaniem go na śmierć. Po upadku powstania został aresztowany przez Prusaków. Po kilku miesiącach zwolniono go jednak z więzienia i  obdarzono pensją 800 talarów. Krążyły wówczas pogłoski, że chciano go użyć na wypadek konfliktu między zaborcami. Parokrotnie jeszcze brano pod uwagę wykorzystanie jego nazwiska i osoby, jednak de facto nie odegrał już czynnej roli w życiu politycznym.  Więcej informacji, ciekawostek i materiałów dotyczących Antoniego Józefa Madalińskiego znajdziesz w jego biogramie i na dalszych stronach naszego serwisu.