Na życzenie króla próbował  w 1625 roku zmusić do posłuszeństwa buntujących sie Kozaków, którzy szukali wtedy wsparcia u Tatarów lub w Rosji. Wyruszył na nich na czele 8 tysięcy  żołnierzy, ale  Kozacy stawili mu  tak zacięty opór, że musiał z nimi  rokować i zwiększyć im  rejestr.  Kiedy w 1630 roku Kozacy zbuntowali się pod wodzą Tarasa i zaatakowali wojska polskie w Korsuniu,  hetman wezwał szlachtę do gaszenia powstania „krwią chłopstwa”. Na czele wojska uderzył na Perejasław zajęty przez Kozaków, ci jednak bronili się  tak dzielnie, że po trzytygodniowym oblężeniu musiał się zadowolić odnowieniem ugody.  W siedem lat później wybuchło kolejne groźne powstanie kozackie. Tym razem unieruchomiony przez chorobę wódz musiał walkę z powstańcami powierzyć hetmanowi polnemu.   Wzywał jednak szlachtę do walki z Kozakami, zachęcając do stosowania represji wobec rodzin i osiedli powstańców, „gdyż lepsza jest rzecz, żeby pokrzywa na tem miejscu rosła, aniżeli żeby się zdrajcy JKMci i Rzpltej mnożyli”. Domagał się  surowego ukarania buntowników.  Uchwalona w 1638 roku konstytucja sejmowa zgodnie z jego życzeniem  stanowiła, że mają oni być pozbawieni praw i uważani za „w chłopy obrócone pospólstwo”.  Więcej informacji, ciekawostek i materiałów na temat Stanisława Kaniecpolskiego znajdziesz w jego biogramie  i na dalszych stronach naszego serwisu.